1、防治规划组
负责为卫生行政部门制定全市结核病防治规划、技术规范、工作计划提供技术支持；负责协助财务科制定市本级结核病防治工作经费预算及活动支出；负责对各县(市)区结核病防治所、学校、定点医院、综合医院、基本公共卫生服务机构进行业务培训、业务指导、督导、考核工作；负责指导全市学校、监管场所开展肺结核患者流行病学调查、结核病突发公共卫生事件的调查和处理工作；负责全市中盖三期结核病项目的具体执行工作；制定全市抗结核药品和设备的需求计划，及时供应和调剂药品；负责组织开展全市结核病健康促进工作；负责省结核病防治科学研究院和本级卫生行政部门交办的其他工作。
2、统计监测组
负责日常全市结核病病例监测；负责收集、审核、分析、上报结核病监测信息，确保报告相关信息及时、完整、准确，真实的反映全市规划工作进展；负责监测全市肺结核疫情；及时准确报告、通报疫情及相关信息;负责对全市各县（市）区结核病防治机构统计监测工作进行业务培训、指导、督导工作；负责全市结核病信息化平台建设工作；负责上级临时要求上报数据的收集、汇总工作。
3、项目办公室
负责执行落实全市中盖电子药盒CRT项目、耐多药肺结核治疗管理项目、结核杆菌/艾滋病病毒双重感染项目以及市级申请到的其他项目；负责制定项目参与单位的职责分工及工作机制；负责项目涉及的所内科室之间的协调工作；负责对全市各县（市）区项目办开展业务培训、指导、督导工作；负责省项目办交办的其他工作。
4、防痨协会
负责组织开展防痨科技学术交流；组织重点学术课题探讨和科学考察等活动，密切学科间和学术团体间的横向联系与协作；开展多渠道、多种形式的卫生科普知识宣传；开展防痨科学技术的咨询服务活动，举办防痨科学技术展览；评选和奖励优秀的防痨科研成果; 反映防痨科学技术工作者的意见和要求，维护防痨科技工作者的合法权益；承办政府、有关部门及上级学会委托的工作任务。